Ο ναός της Παναγίας της Εκατονταπυλιανής βρίσκεται στην Ο ναός της Παναγίας της Εκατονταπυλιανής έχει σήμερα όψη μοναστηριού. Περικλείεται από περίβολο, που έχει περίμετρο 252 και ύψος 8,5 μέτρων. Ο περίβολος αυτός, μεταξύ του δυτικού τοίχου και της πρόσοψης του ναού, σχηματίζει ευρύχωρη αυλή, διαστάσεων 42Χ34 περίπου μέτρων. Η αυλή αυτή στις τρείς πλευρές της, την βόρεια, την δυτική και την νότια περιβάλλεται από δύο επάλληλες σειρές κελλιά.
Τα κτίσματα αυτά, δηλαδή ο περίβολος, η αυλή και τα κελλιά, έχουν ιδρυθεί ή κατασκευαστεί σε διάφορες εποχές. Κτίστηκε πρώτα ο περίβολος στα χρόνια της φραγκοκρατίας, με σκοπό να προφυλάξει το ναό από τις συνεχείς πειρατικές επιδρομές. Αργότερα προστέθηκε το συγκρότημα των κελλιών, που ολοκληρώθηκε κατά τον 17ου αιώνα. Τα κελλιά αυτά έχουν ανακαινιστεί και στεγάζουν σήμερα το Επισκοπείο, τα γραφεία του Ι. Προσκυνήματος, την αίθουσα τελετών, το Νεανικό Κέντροκαι το Βυζαντινό Μουσείο, στο οποίο εκτίθενται εικόνες, βυζαντινές και μεταβυζαντινές, παλαιά ιερά και άλλα εκκλησιαστικά σκεύη, άμφια, ο παλαιός επιτάφιος του ναού του 17ου αι. κ.ά.
Ανατολικά των δύο κηπαρίων της αυλής υπάρχουν πέντε απερίφρακτοι τάφοι αρχοντικών οικογενειών της Πάρου, του 19ου αι. Στον χώρο αυτόν είχε ενταφιασθεί και η μεγάλη ηρωΐδα της Επανάστασης του 1821 Μαντώ Μαυρογένους, που πέθανε στην Πάρο το 1848.
Σήμερα ο προσκυνητής, μόλις περάσει την σιδερένια πόρτα του κτηριακού συγκροτήματος της Εκατονταπυλιανής, αντικρύζει την πρόσοψη του ναού, που τον εντυπωσιάζει με την αρχαιοπρέπειά της και την μεγάλη τρίλοβη πύλη της. Μπροστά από αυτή την πύλη υπάρχουν τά μάρμαρα της βάσης και λίγες κολώνες από το αίθριον του ναού, μια μαρμάρινη κατασκευή με στοές του 4ου αι. Στο κέντρο του αιθρίου υπήρχε η "φιάλη των καθαρμών", μια μεγάλη μαρμάρινη λεκάνη που έπλεναν οι πιστοί συμβολικά τα χέρια τους πριν μπούν στο ναό του Θεού.
Ο ΝΑΡΘΗΚΑΣ
Από την τρίλοβη ανοικτή πύλη της πρόσοψης του ναού, προχωρούμε και μπαίνουμε στο Νάρθηκα. Εδώ υπάρχουν αρκετοί τάφοι, Φαίνεται πως αυτός ο χώρος χρησίμευε και σαν τελευταία κατοικία σπουδαίων προσώπων, τα οποία χρημάτισαν επίτροποι ή είχαν διαθέσει γενναιόδωρα χρήματα, για την επισκευή και ανακαίνιση του ναού. Μεταξύ αυτών ο Νικόλαος Κοντίλης (1681), ο Νικόλαος Βουτζαράς (1617) και ο Γεώργιος Μαυρογένης (1870)
Η ΠΑΛΙΑ ΜΝΗΜΕΙΑΚΗ ΠΥΛΗ ΚΑΙ Ο ΘΡΥΛΟΣ ΤΗΣ
Σε απόσταση λίγων μέτρων από το παρεκκλήσιο της Αγίας Θεοδοσίας, στη βόρεια πτέρυγα του κτηριακού συγκροτήματος της Εκατονταπυλιανής, βλέπουμε μια μεγάλη μνημειακή πύλη. Την πύλη αυτή μετέφερε και τοποθέτησε εκεί ο καθηγητής Αν. Ορλάνδος, κατά την αναπαλαίωση της Εκατονταπυλιανής, από την κεντρική πύλη του νάρθηκα του μεγάλλου ναού, στην οποία βρισκόταν μέχρι τότε.
Έχει μαρμάρινο πολυτελή διάκοσμο, ο οποίος αποτελείται από δύο ιδιόρρυθμες κολώνες, πάνω στις οποίες στηρίζεται αέτωμα με γείσο και ανθέμιο στην κορυφή. Οι κολώνες αυτές στηρίζονται σε κυβοειδείς βάσεις, πάνω στις οποίες υπάρχουν ανάγλυφες δύο ανθρώπινες μορφές. Οι μορφές αυτές σχετίζονται με τον παρακάτω θρύλο:
"Τον Ιουστινιάνειο ναό της Εκατονταπυλιανής έκτισε ο μαθητής του πρωτομάστορα που έκτισε την Αγία Σοφία της Κων/πολης. Όταν τελείωσε ο ναός, ο μαθητής κάλεσε τον δάσκαλο να του δείξει το έργο του. Ο πρωτομάστορας είδε την τελειότητα του έργου και φοβήθηκε μήπως ο μαθητής επισκιάσει την φήμη και την δόξα του. Προφασίστηκε λοιπόν κάποιο αρχιτεκτονικό σφάλμα και τον ανέβασε στην οροφή του ναού. Από κει, ο πρωτομάστορας έσπρωξε τον μαθητή του στο κενό, με σκοπό να τον σκοτώσει. Ο μαθητής όμως κρατήθηκε από τον δάσκαλο και τελικά έπεσαν και οι δύο και σκοτώθηκαν μπροστά στο ναό. Οι δύο ανάγλυφες μορφές που βρίσκονται στις βάσεις αυτής της πύλης, παριστάνουν η μία τον πρωτομάστορα και η άλλη τον μαθητή του, που σκοτώθηκαν εκεί".
Αυτός βέβαια είναι ένας ωραίος θρύλος, γιατί οι ανάγλυφες μορφές που βρίσκονται στις βάσεις της πύλης δεν έχουν καμία σχέση με τους αρχιτέκτονες ή τους μαστόρους της Εκατονταπυλιανής και της Αγίας Σοφίας. Είναι δύο σάτυροι που πάρθηκαν από κάποιο αρχαίο ιερό του Διονύσου.