Μέσα στο Ιερό Βήμα της Εκατονταπυλιανής, το οποίο έχει διαστάσεις 10Χ12 μέτρα, βρίσκονται δύο από τα σημαντικώτερα μνημεία του ναού, τα οποία, επειδή συναντώνται σπανιώτατα σε άλλους παλαιοχριστιανικούς ναούς, αποκτούν μέγιστη σπουδαιότητα. Αυτά είναι το Κιβώριο και το Σύνθρονο.
ΤΟ ΚΙΒΩΡΙΟ
Κιβώριο ονομάζεται το μαρμάρινο επιστέγασμα της Αγίας Τραπέζης. Στηρίζεται σε τέσσερις κολώνες, κλασσικής εποχής, με κιονόκρανα κορινθιακού ρυθμού, εξαίσιας τέχνης. Ελάχιστα κιβώρια έχουν διασωθεί ακέραια μέχρι σήμερα, ένα δε απ\'αυτά είναι και αυτό της Εκατονταπυλιανής, μοναδικό στον τύπο του σ\'όλο τον χριστιανικό κόσμο. Για περισσότερες πληροφορίες για το κιβώριο ανατρέξτε στην εισήγηση της αρχαιολόγου κ. Αγγ. Μητσάνη στον Τόμο των Πρακτικών του Επιστημονικού Συνεδρίου "Η Εκατονταπυλιανή και η Χριστιανική Πάρος".
ΤΟ ΣΥΝΘΡΟΝΟ
Σύνθρονο ονομάζεται το μικρο αμφιθέατρο, στο βάθος της κόγχης του Ιερού Βήματος. Αποτελείται από οκτώ ημικυκλικές και ομόκεντρες σειρές κερκίδων και στην κορυφή βρίσκεται ο αρχιερατικός θρόνος, ο οποίος είναι από μάρμαρο, με γλυπτό διάκοσμο στις πλευρές. Δεξιά και αριστερά του υπάρχουν επίσης δύο μαρμάρινοι θρόνοι, χαμηλώτεροι όμως και απλούστεροι, που προορίζονταν ασφαλώς για τους βοηθούς του αρχιερέα (τους πρώτους χριστιανικούς αιώνες ο δεσποτικός θρόνος βρισκόταν στο σύνθρονο και όχι στον κυρίως ναό). Εκτός απ\'αυτά τα δύο πολύτιμα μνημεία, στο Ι. Βήμα της Εκατονταπυλιανής παρατηρούμε ακόμα: -Το κιβώριο της Αγίας Πρόθεσης, που είναι όμως νεώτερο, μικρότερο και δεν έχει τόσο μεγάλη καλλιτεχνική αξία. -Τον νιπτήρα, στα δεξιά της Πρόθεσης, που έχει σχήμα λεκάνης και στηρίζεται στο έδαφος, με λευκή κιονόμορφη βάση. Εγχάρακτη επιγραφή δηλώνει ως έτος κατασκευής του το 1636. -Τις μεταβυζαντινές τοιχογραφίες του 17ου αι., πολύ καλής τέχνης, που κοσμούν τα τοιχώματα που βρίσκονται δεξιά και αριστερά της κόγχης του Αγίου Βήματος και που εικονίζουν τους είκοσι τέσσερις "οίκους" του Ακαθίστου Ύμνου. Δυστυχώς έχουν κτυπήματα από σμίλη, που έγιναν για να στερεωθεί το κονίαμα που τις κάλυπτε, μέχρι που αποκαλύφθηκαν και στερεώθηκαν κατά την αναπαλαίωση του ναού. -Κάτω από την Αγία Τράπεζα αναβλύζει ακόμα σήμερα ένα αγίασμα, το οποίο είναι συνδεδεμένο με την ζωή της οσίας Θεοκτίστης, μιας αγίας που έζησε και αγίασε μέσα στον ναό.
ΤΟ ΕΙΚΟΝΟΣΤΑΣΙΟ
Σήμερα βρίσκονται σ\'αυτό τρεις μεγάλες εικόνες. Πρώτη από τα αριστερά, η θαυμαστής βυζαντινής σεμνότητας εικόνα της Παναγίας της Εκατονταπυλιανής,του 17ου αι., η κυρίως λατρευτική εικόνα του ναού. Είναι εξαίρετης τέχνης, έχει περίτεχνη αργυρή επένδυση, που έγινε στο Βουκουρέστι το 1788, και είναι αφιέρωμα του Παριανού ηγεμόνα της
Μολδοβλαχίας Νικολάου Μαυρογένους, θείου της Μαντούς Μαυρογένους. Δωρεά της ίδιας οικογένειας είναι οι δύο άλλες μεγάλες εικόνες του τέμπλου, του Παντοκράτορα με την αυστηρή μορφή και της Κοίμησης της Θεοτόκου, του 17ου αι. κι αυτές.
Οι εικόνες της Ωραίας Πύλης φιλοτεχνήθηκαν το έτος 1759, ενώ ο Αρχάγγελος της βόρειας πύλης του Ιερού Βήματος το 1666.