Παρεκκλήσιο Αγίου Νικολάου
Το παρεκκλήσιο αυτό, διαστάσεων 19Χ15 μέτρων, βρίσκεται στα βόρεια του Ι. Βήματος του μεγάλου ναού. Είναι ο αρχαιότερος ναός, όχι μόνο του κτηριακού συγκροτήματος της Εκατονταπυλιανής, αλλά και ολόκληρου του νησιού, αφού το παλιό τμήμα του κατασκευάστηκε στις αρχές του 4ου αι. Πολλοί αρχαιολόγοι πιστεύουν ότι ο μικρός αυτός ναός είναι εκείνος στον οποίο προσευχήθηκε η Αγία Ελένη, όταν, πηγαίνοντας στην Παλαιστίνη για να βρεί τον Τίμιο Σταυρό, πέρασε από την Πάρο. Αρχικά ο ναός αυτός, που ήταν αφιερωμένος στην Παναγία, ήταν μια δρομική βασιλική με ξύλινη στέγη. Έτσι διατηρήθηκε μέχρι την εποχή του Ιουστινιανού. Κατά την εποχή όμως αυτή, που ο μεγάλος ναός πήρε την σημερινή του μορφή, αφαίρεσαν και απ\'αυτόν τον μικρό ναό την ξύλινη στέγη
και κατασκεύασαν στη θέση της, με κιτρινωπούς και πράσινους πωρόλιθους, θόλους και τρούλλο. Γι\'αυτό, το παρεκκλήσιο έχει μια ιδιαιτερότητα ως προς τον ρυθμό του: μέχρι τον γυναικωνίτη είναι δρομική βασιλική και από εκεί και πάνω σταυρική βασιλική με τρούλλο.
Δύο σειρές αρχαίες κολώνες, δωρικού ρυθμού, που ξεκινούν από τον δυτικό τοίχο και φθάνουν μέχρι το εικονοστάσιο, χωρίζουν τον ορθογώνιο χώρο του ναού σε τρία μέρη (κλίτη), από τα οποία το μεσαίο είναι πολύ ευρύτερο. Αξιοπρόσεκτο είναι και το μαρμάρινο εικονοστάσιο. Οι κιονίσκοι και τα θωράκια που έχουν πλούσιο γλυπτό διάκοσμο, είναι παλαιότερα από το επιστήλιο, πιθανώς του 15ου αι. Στο εικονοστάσιο βρίσκονται τρείς εικόνες: της Ελεούσας, έργο του ιερέα Δημητρίου, σημαντικού αγιογράφου του 18ου αι., του Χριστού Παντοκράτορα του 17οι αι. και του Αγ. Νικολάου που είναι αρκετά νεώτερη. Στην κόγχη του Ι. Βήματος και αυτού του παρεκκλησίου παρατηρούμε σύνθρονο, πολύ όμως μικρότερο από εκείνο του μεγάλου ναού και με πέντε μόνο βαθμίδες. Στο κέντρο του παρεκκλησίου υπάρχει τάφος. Η μαρμάρινη πλάκα του είναι πλούσια διακοσμημένη με κληματίδες αμπελιού και τον δικέφαλο αετό.
Παρεκκλήσιο Αγίων Αναργύρων
Στα νότια του Αγίου Βήματος του μεγάλου ναού βρίσκεται το παρεκκλήσιο των Αγίων Αναργύρων που έχει διαστάσεις 8,50Χ4 μέτρα. Το Ιερό Βήμα αυτού του παρεκκλησίου κατέχει σήμερα τη θέση του Διακονικού του Ι. Βήματος του μεγάλου ναού. Ακριβώς πάνω από αυτό, υπάρχει αίθουσα η οποία επικοινωνεί με το νότιο τμήμα του γυναικωνίτη. Η αίθουσα αυτή ονομαζόταν "Μιτατώριον". Κατά μία εκδοχή, τέτοια αίθουσα είχαν τότε οι αυτοκρατορικοί ναοί για να αναπαύεται ο αυτοκράτορας, κατά τις μακριές ακολουθίες της εποχής εκείνης. Κατά μία άλλη, η αίθουσα αυτή χρησίμευε για να αλλάζει ο Επίσκοπος στολή.
Παρεκκλήσιο Αγίου Φιλίππου
Νότια του παρεκκλησίου των Αγί. Αναργύρων και σε επαφή με αυτό βρίσκεται το παρεκκλήσιο του Αγ. Φιλίππου. Το παρεκκλήσιο αυτό (8Χ2,5 μέτρα) στεγάζεται μεμονωμένα και έχει οροφή σε σχήμα καμάρας.
Παρεκκλήσιο οσίας Θεοκτίστης. Λίγα λόγια για τον βίο της.
Στον βόρειο τοίχο του ναού βρίσκεται το μικρό παρεκκλήσιο της οσίας Θεοκτίστης. Μέσα σ'αυτό υπάρχει κιγκλιδόφρακτος τάφος, ο οποίος αποδίδεται στην οσία. Από το συναξάρι που έγραψε ο Συμεών ο Μεταφραστής μαθαίνουμε τον βίο της. Έζησε τον 9ο αι. και καταγόταν από την Μήθυμνα της Λέσβου. Από μικρή έγινε μοναχή σε μοναστήρι της πατρίδας της. Σε μια επιδρομή τους στη Λέσβο, πειρατές πήραν μαζί με άλλες νέες και τη μοναχή Θεοκτίστη. Στο ταξίδι του για τις ακτές της Αφρικής, το πλοίο τους προσορμίστηκε στη Νάουσα. Εκεί έβγαλαν στην ξηρά τις κρατούμενες για να συνέλθουν από τη ναυτία. Η νεαρή μοναχή κατόρθωσε να ξεφύγει από την επιτήρηση των φρουρών της και χάθηκε μέσα στο δάσος, που την εποχή εκείνη σκέπαζε ολόκληρο σχεδόν το νησί. Περιπλανήθηκε πολλές μέρες και κατέληξε στο ναό της Εκατονταπυλιανής. Εκείνο τον καιρό το νησί είχε εγκαταλειφθεί από τους κατοίκους, που δεν μπορούσαν να υπομένουν τις συνεχείς πειρατικές επιδρομές. Mέσα στο ναό έζησε περί τα 35 χρόνια, τρώγοντας άγρια χόρτα και πίνοντας νερό από το αγίασμα που αναβλύζει ακόμα σήμερα κάτω από την Αγία Τράπεζα του μεγάλου ναού. Κάποτε ήλθαν στην Πάρο κυνηγοί από την Εύβοια για να κυνηγήσουν στα δάση του νησιού. Ο σκύλος ενός απ\'αυτούς ανακάλυψε την οσία, εκείνη ζήτησε κάποιο μανδύα για να καλυφθεί και, τελικά, παρουσιάστηκε στον κυνηγό, του διηγήθηκε τη ζωή της και τον παρακάλεσε στο επόμενο ταξίδι του να της φέρει μερίδα της Θείας Μετάληψης, επειδή καταλάβαινε πως πλησιάζει το τέλος της. Ο κυνηγός τον επόμενο χρόνο ήλθε ξανά στην Πάρο, έφερε στην οσία τον "Άγιο Μαργαρίτη" και όταν φεύγοντας από το νησί πήγε να την αποχαιρετίσει, την βρήκε νεκρή. Την έθαψε στο σημείο που βρίσκεται το σημερινό παρεκκλήσιο και ο τάφος που αποδίδεται σ\'αυτήν . Η παράδοση αναφέρει ότι, έπειτα από χρόνια, ήλθαν στην Πάρο Ικαριώτες κυνηγοί, πήραν το σκήνωμα της Οσίας και το μετέφεραν στην πατρίδα τους. Άφησαν μόνο ένα από τα οστά της, που βρίσκεται σήμερα σε περίτεχνη θήκη, κοντά στο παρεκκλήσιό της. Τη μνήμη της οσίας Θεοκτίστης πανηγυρίζει η Πάρο στις 9 Νοεμβρίου.
Παρεκκλήσιο Αγίας Θεοδοσίας
Έξω από τον μεγάλο ναό και σε επαφή με τον βόρειο τοίχο του, βρίσκεται το παρεκκλήσιο της Αγίας Θεοδοσίας. Το παρεκκλήσιο αυτό ανακαινίστηκε τον 17ο αι., όπως αναφέρει επιγραφή που υπάρχει στο υπέρθυρό του.
Παρεκκλήσιο Αγίου Δημητρίου
Έξω από τον ναό και συγκεκριμένα στο ανατολικό άκρο της νότιας στοάς των κελλιών, στο ύψος της πρόσοψης του μεγάλου ναού και κοντά στη νότια πύλη του κτηριακού συγκροτήματος της Εκατονταπυλιανής, βρίσκεται το παρεκκλήσιο του Αγίου Δημητρίου. Κατασκευάστηκε τον 17ο αι., όπως αναφέρεται σε επιγραφή που υπάρχει στο υπέρθυρο του παρεκκλησίου. Ανακαινίστηκε πρόσφατα.